Os oligonucleotídeos são cadeias curtas de nucleotídeos de fita simples sintetizadas em laboratório. Cada nucleotídeo é composto por três elementos fundamentais:
- Uma base nitrogenada (Adenina, Timina, Citosina, Guanina ou Uracila);
- Um açúcar (Desoxirribose no DNA, Ribose no RNA);
- Um grupo fosfato.
Enquanto na natureza as enzimas sintetizam o DNA em longas fita duplas, a síntese de oligos em laboratório permite criar sequências sob medida, de forma altamente controlada e purificada, para interagirem com sequências-alvo específicas.
Como os Oligos são Produzidos?
A fabricação dos oligos ocorre por meio da síntese química em fase sólida via método da fosforamidita. A cadeia de DNA/RNA é construída de forma inversa ao processo biológico (do sentido 3′ para 5′), nucleotídeo por nucleotídeo.
Detritilação Inicial: Exposição do grupo reativo.
O grupo protetor DMT (Dimetoxitritila) é removido do nucleotídeo preso ao suporte sólido, liberando um grupo hidroxila (OH) livre na extremidade 5′.
Acoplamento: Adição da nova base.
A próxima base (fosforamidita ativada) é introduzida e reage com a hidroxila livre, formando uma ligação fosfito triéster.
Bloqueio (Capping): Prevenção de mutações na fita.
As cadeias que não reagiram no acoplamento são quimicamente “bloqueadas” (com anidrido acético). Isso impede que falhas continuem crescendo e gerem sequências truncadas com deleções.
Oxidação: Estabilização da ligação.
A ligação fosfito triéster é oxidada para formar a ligação fosfodiéster estável, característica da espinha dorsal do DNA natural.
Clivagem e Desproteção: Liberação da molécula.
O oligo sintetizado é removido do suporte sólido de síntese e todos os grupos protetores das bases nitrogenadas são quimicamente retirados.
Purificação: Garantia de qualidade.
O produto passa por processos de purificação para remover subprodutos, oligos truncados e resíduos reagentes.
Tipos de Purificação: Qual escolher?
A escolha do método de purificação impacta diretamente na eficiência do seu ensaio:
| Método de Purificação | Como Funciona | Indicado Para |
| Dessalinização (Desalt) | Remove sais e pequenos subprodutos químicos. Não separa oligos incompletos. | PCR convencional, sequenciamento de rotina e oligos curtos (até 30 bases). |
| PAGE (Eletroforese em Gel) | Separa oligos por tamanho com altíssima resolução de 1 único nucleotídeo. | Oligos longos (>50 bases), clonagem, mutagênese e primers de alta precisão. |
| HPLC (Cromatografia) | Separação baseada em hidrofobicidade e carga. Excelente pureza. | Sondas de qPCR, oligos modificados/fluoróforos e aplicações diagnósticas. |
Principais Tipos de Oligos e Modificações
Dependendo da aplicação final, os oligos podem receber diferentes químicas e marcações:
Primers Convencionais
Sequências simples de DNA não modificadas (contendo apenas A, T, C, G). São os blocos de partida para o anelamento na enzima DNA polimerase.
Bases Mistas (Degeneradas)
Contêm posições onde mais de um tipo de nucleotídeo pode ser incorporado na mesma reação. São representados pelos códigos da IUBMB (ex: N = A/T/C/G, R = A/G, Y = C/T).
- Aplicação: Detecção de patógenos com alta taxa de mutação (como vírus) ou amplificação de genes homólogos entre diferentes espécies.
Sondas e Marcações Especiais (Fluoróforos e Quenchers)
Oferecemos uma ampla linha de marcações simples (Single Labeling) e duplas (Dual/Multiple Labeling) para otimizar seus ensaios de qPCR, hibridização e diagnóstico molecular.
Marcação Simples (Single Labeling)
Ideal para primers marcados ou sondas específicas. Disponibilizamos os principais repórteres e apagadores de fluorescência do mercado:
- Fluoróforos (Dyes): FAM, TET, JOE, HEX, SIMA, TAMRA, ROX, Cy3, Cy5, Quasar 570, Quasar 670, DyLight 547, DyLight 647 e Texas Red.
- Quenchers: BHQ-1, BHQ-2, BHQ-3, Eclipse e DABCYL.
Dupla Marcação para Sondas de qPCR (Dual/Multiple Labeling)
Para ensaios de PCR em Tempo Real (como sondas TaqMan e de hibridização), disponibilizamos combinações validadas entre Fluoróforo na extremidade 5′ e Quencher/Modificador na extremidade 3′:
| Fluoróforo (5′) | Quenchers & Modificadores Compatíveis (3′) |
| 5′ 6-FAM | 3′ TAMRA | 3′ BHQ-1 | 3′ Eclipse | 3′ MGB | 3′ DABCYL |
| 5′ TET | 3′ TAMRA | 3′ BHQ-1 | 3′ BHQ-2 | 3′ MGB | 3′ DABCYL |
| 5′ HEX | 3′ TAMRA | 3′ BHQ-1 | 3′ BHQ-2 | 3′ MGB | 3′ DABCYL |
| 5′ 6-VIC | 3′ TAMRA | 3′ BHQ-1 | 3′ MGB |
| 5′ NED | 3′ TAMRA | 3′ BHQ-1 | 3′ MGB |
| 5′ TAMRA | 3′ BHQ-1 | 3′ BHQ-2 | 3′ Eclipse | 3′ DABCYL |
| 5′ ROX | 3′ BHQ-1 | 3′ BHQ-2 | 3′ Eclipse |
| 5′ Cy5 | 3′ BHQ-1 | 3′ BHQ-2 | 3′ BHQ-3 | 3′ DABCYL |
| 5′ Cy3 | 3′ BHQ-2 |
| 5′ JOE | 3′ TAMRA | 3′ BHQ-1 | 3′ BHQ-2 | 3′ Eclipse | 3′ MGB | 3′ DABCYL |
| 5′ Texas Red | 3′ BHQ-2 |
| 5′ Quasar 570 | 3′ BHQ-2 |
| 5′ Quasar 670 | 3′ BHQ-2 |
Onde os Oligos são Aplicados?
- PCR e qPCR (Reação em Cadeia da Polimerase): Diagnósticos clínicos, testagem infecciosa e análise de expressão gênica.
- Sequenciamento de DNA (Sanger e NGS): Atuam como primers de iniciação ou adaptadores em bibliotecas de sequenciamento.
- Edição Gênica (CRISPR-Cas9): Síntese de gRNA (RNA guia) para direcionar a endonuclease ao local correto no genoma.
- Terapêutica (ASOs – Oligonucleotídeos Antisense): Fitas projetadas para se ligarem ao RNA mensageiro (mRNA) e bloquear a produção de proteínas patogênicas ou corrigir o splicing.
Nota Técnica: A inclusão do MGB (Minor Groove Binder) no 3′ aumenta a temperatura de anelamento (Tm) da sonda, permitindo o desenho de sondas mais curtas e altamente específicas para a detecção de mutações pontuais (SNPs).
Garantia de Qualidade e Precisão para a sua Pesquisa
Na C&G, sabemos que a precisão dos seus resultados depende da pureza e da fidelidade das suas ferramentas de biologia molecular. É por isso que combinamos tecnologia de síntese de ponta com um controle de qualidade rigoroso em 100% dos lotes produzidos.
Seja para rotinas de PCR convencional, sequenciamento ou o desenvolvimento de sondas complexas de qPCR com múltiplas marcações, entregamos a máxima eficiência técnica com o suporte que o seu laboratório merece.
- Sintetizados sob medida para o seu projeto;
- Amplo catálogo de fluoróforos, quenchers e modificações químicas;
- Rigoroso controle de qualidade e alta pureza garantida.
